よくコケ植物と混同されるが、たいていの場合、見分けるのはさほど困難ではない。以下のような点が見分けポイントになるであろう。
色：緑藻を持つものは、銀色を帯びた白っぽい緑か薄い青緑をしている。藍藻類を持つものは青みを帯びた黒っぽい色となる。それに対してコケ植物はたいてい深緑から黄緑色をしている。
形：地衣類には規則的な葉のような形をもつものはほとんどない。蘚苔類のほとんどは茎と葉を持っている。
葉状地衣は葉状体の苔類（ゼニゴケなど）に似ているが、地衣類は、たいていははるかに薄く、また、周辺全体で伸びるので、成長する先端が明確でない。葉状の苔類は主軸があり、二又分枝がはっきりしている。
コケ植物は胞子を柄の上の袋（さく）に作るが、地衣類では胞子は地衣体の表面か内部に埋もれた子器（子実体）に作る。
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地衣類の種類
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ナガサルオガセ、ササクレカラタチゴケ
ウメノキゴケ科
ウメノキゴケ、ウチキアワビゴケ
イワタケ科
イワタケ
ハナゴケ科
ミヤマハナゴケ、ハナゴケ、コアカミゴケ
キゴケ科
キゴケ、カムリゴケ
ヘリトリゴケ科
ヘリトリゴケ
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サンゴゴケ科
サンゴゴケ